Érosion de la biodiversité

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L’érosion de la biodiversité, au même titre que le changement climatique, constitue un défi majeur à l’échelle planétaire.

Enjeux globaux

L’érosion de la Biodiversité se traduit notamment par l’augmentation du taux d’extinction d’espèces, par le déclin des populations de certaines d’espèces, par la dégradation des habitats naturels. Elle résulte principalement de la destruction et de la fragmentation des milieux naturels (due aux activités humaines : urbanisation croissante, intensification des pratiques agricoles, etc.), de leur pollution (d’origines domestique, industrielle et agricole), de la surexploitation d’espèces sauvages (surpêche, déforestation, etc.), de l’introduction d’espèces exotiques envahissantes, mais également du Changement climatique.

Le taux d’extinction d’espèces animales et végétales est estimé à 100 fois supérieur aux taux des cinq grandes extinctions de masse sur Terre (Ceballos, 2015), au point d’assister, aujourd’hui, à la sixième extinction massive. Alors que la plupart des disparitions d’espèces ont eu lieu jusque-là sur des îles océaniques, près de la moitié des extinctions se sont produites sur des continents au cours des vingt dernières années. La biodiversité est aujourd’hui largement menacée sur toute la planète (Rockström, 2009).

L’érosion de la biodiversité est préjudiciable à plusieurs titres : elle entraîne une perte de patrimoine génétique (extinction d’espèces, perte de populations) ; elle affecte également le fonctionnement des écosystèmes terrestres et aquatiques (modification des habitats, déplacement des espèces, eutrophisation des eaux de surface, etc.) ainsi que leur capacité à s’adapter aux changements des conditions physiques et biotiques (résilience). Or, les écosystèmes procurent de nombreux bénéfices à l’homme (nourriture, eau, ressources génétiques, etc.). Ces services, dits « écosystémiques », sont dégradés, et à long terme, leur pérennité est menacée.

Dans le cadre des travaux sur les neuf limites planétaires (Rockström et al., 2009), la limite « érosion de la biodiversité » est caractérisée par le taux d’extinction d’espèces. Le seuil à ne pas dépasser est 10 extinctions d’espèces sur un million d’espèces par an. En 2009, la limite est franchie avec 100 extinctions sur un million d’espèces.

Lors de la révision du modèle conceptuel (Steffen et al., 2015), une deuxième approche est définie. Elle prend en compte le rôle de la biosphère dans la fourniture de services écosystémiques et dans le fonctionnement du système terrestre. Un indicateur, l’indice d’intégrité de la biosphère (IIB), évalue l’évolution, depuis l’ère préindustrielle, de l’abondance des populations, par biome, par grande région (par exemple, l’Afrique australe) ou par grand écosystème (par exemple, les récifs coralliens). L’IIB ne doit pas être inférieur à 90 %. En 2015, la limite, appliquée à l’Afrique australe, est franchie (84 %).

Situation de la France

La liste rouge mondiale de l’UICN permet d’évaluer la responsabilité de la France dans la protection de la biodiversité mondiale. Au total, 9 800 des 96 951 espèces évaluées au niveau mondial sont présentes dans au moins un territoire français. L’outre-mer occupe une place importante avec 6 554 espèces. Parmi celles-ci, 1 364 sont éteintes ou menacées, soit 14 % (contre 28 % dans le monde). L’analyse par grand groupe taxonomique révèle que ce taux d’espèces éteintes ou menacées atteint 73 % chez les champignons, 29 % chez les plantes et 11 % chez les animaux. Certains territoires insulaires sont particulièrement concernés, notamment la Nouvelle-Calédonie avec un taux de 20 %, la Polynésie française (16 %) et La Réunion (11 %) ; en métropole, ce taux s’élève à 9 %. Le Tricholome à odeur de céleri (Tricholoma apium), la Violette de Cry (Viola cryana) ou encore l’Amazone de la Martinique (Amazona martinicana), constituent quelques exemples d’espèces qui aujourd’hui ont disparu ou sont en danger.

Proportion d’espèces évaluées par catégorie de menace dans la liste rouge mondiale de l’UICN, pour chacun des territoires français
Proportion d'espèces évaluées par catégorie de menace dans la liste rouge mondiale de l'UICN, pour chacun des territoires français
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Proportion d’espèces évaluées par catégorie de menace dans la liste rouge mondiale de l’UICN, pour chacun des territoires français

Source : IUCN Red List version 2017-1 : Tables 6a & 6b

Traitement : SDES, 2018

Une évolution préoccupante du risque d’extinction des espèces

En s’intéressant aux changements réels de statut de menace d’une espèce entre deux évaluations, l’Indice Liste Rouge (appelé « RLI ») invite les États à suivre les effets de leurs actions pour enrayer la perte de la biodiversité, en donnant une tendance.

En France métropolitaine, une évolution préoccupante du RLI est observée depuis le début des années 1990, tous groupes taxonomiques confondus parmi ceux étudiés (Amphibiens, Oiseaux, Mammifères, Reptiles, Coraux, Cycas). En 26 ans (de 1993 à 2019), l’indice du risque d’extinction a augmenté de 138 % sur le territoire métropolitain, alors qu’il suit une dynamique moins prononcée au niveau mondial (48 %).

Les outre-mer, qui concentrent l’essentiel des espèces (4/5 des espèces endémiques de France), sont des territoires vulnérables soumis à diverses perturbations. Entre 1993 et 2019, les territoires dont l’évolution de l’indice est la plus marquée sont Mayotte (260 %), la Guyane (148 %), Wallis-et-Futuna (73 %), les Terres Antarctiques Australes (61 %) et La Réunion (51 %).

Sur cette même période, d’autres territoires, comme Saint-Martin (partie française), la Martinique, la Nouvelle-Calédonie, la Polynésie française, observent une évolution moins marquée (environ 20 %), alors que Saint-Barthélemy, Saint-Pierre-et-Miquelon et la Guadeloupe sont les outre-mer dont l’évolution de l’indice liste rouge est très faible voire négative (respectivement -5 %, 1 % et 4 %).

Évolution de l’indice de risque d’extinction des espèces en France métropolitaine et dans le monde
Évolution de l'indice de risque d'extinction des espèces en France métropolitaine et dans le monde
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Évolution de l’indice de risque d’extinction des espèces en France métropolitaine et dans le monde

Note : le RLI « moyen » est encadré par le RLI « seuil haut » et le RLI « seuil bas ». La zone grisée, bornée par ces seuils, matérialise l’intervalle de confiance de la série statistique. Les valeurs du RLI sont calculées à partir des risques mondiaux d’extinction des espèces. Les résultats présentés peuvent, par conséquent, différer d’un indice calculé au niveau national qui tiendrait compte du risque d’extinction des espèces au niveau national.

Source : UICN Red List Index, extraction Plateforme de la Global SDG Indicators Database (mise à jour février 2019)

Traitement : SDES, 2019

Espèces endémiques menacées d’extinction

En France, d’après l’état actuel des connaissances, 10 % des espèces présentes sont endémiques (exclusives d’un territoire) ou subendémiques (retrouvées quasi-exclusivement sur un territoire), soit plus de 19 000 espèces. L’endémisme, très présent dans les collectivités d’outre-mer insulaires, est moins marqué en zones continentales (métropole et Guyane). Cette situation confère à la France une forte responsabilité vis-à-vis de ce patrimoine unique, souvent menacé.

L’endémisme, plus étudié en milieu terrestre, semble moins marqué chez les espèces marines. Selon les derniers inventaires recensés dans les listes rouges nationales, sur plus de 1 200 espèces endémiques terrestres animales et végétales évaluées sur le territoire (hors subendémiques), 645 espèces sont menacées et 55 sont éteintes (métropole et outre-mer).

En 2019, 65 % des espèces animales endémiques (114 espèces) et 37 % des espèces végétales endémiques (61 espèces) sont menacées d’extinction en métropole, et respectivement 34 % (43 espèces) et 58 % (427 espèces) dans les outre-mer. L’Armoise insipide (présente en métropole) et le Gecko terrestre (de Mayotte) illustrent cette situation préoccupante en France.

Alors qu’une seule espèce végétale endémique est aujourd’hui éteinte en métropole (la Violette de Cry), 54 espèces animales et végétales le sont dans les territoires ultramarins, parmi lesquelles La Roussette à collet rouge (espèce réunionnaise de chiroptère), le Perroquet de Guadeloupe. Majoritairement insulaires et isolés géographiquement, ces territoires restent vulnérables aux pressions (surexploitation des ressources, dégradation voire perte de leurs habitats naturels, pollution, introduction d’espèces exotiques envahissantes, etc.).

Les espèces endémiques menacées bénéficient de dispositions spécifiques de préservation. La loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages (2016) complète le dispositif prévu par les plans nationaux d’actions (PNA). D’ici le 1er janvier 2020, des PNA en faveur des espèces endémiques de faune ou de flore sauvages menacées, identifiées comme étant « en danger critique » ou « en danger » dans la liste rouge nationale, devraient être élaborés et permettront de définir, au regard des enjeux présents, une stratégie de préservation de ces espèces particulièrement vulnérables.

Nombre d’espèces endémiques animales et végétales suivant le degré de menaces, en France
Nombre d'espèces endémiques animales et végétales suivant le degré de menaces, en France
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Nombre d’espèces endémiques animales et végétales suivant le degré de menaces, en France

Notes : les espèces éteintes (EX, EW, RE) et menacées (CR, CR*, VU, EN) endémiques sont issues des listes rouges nationales. Seuls les taxons terminaux (rang espèce) ont été sélectionnés. Les espèces subendémiques ont été exclues de l’analyse. En l’absence d’évaluation pour les espèces marines endémiques dans ces listes, seules les espèces endémiques terrestres sont présentées. Les espèces endémiques ultramarines évaluées concernent les territoires de Guadeloupe, Guyane, Martinique, Mayotte, Polynésie française, la Réunion et des TAAF (Iles Éparses et Iles sub-antarctiques).

Source : TAXREF (INPN). Traitements : MNHN-UMS PatriNat, SDES, 2019

Le Râle des genêts, une espèce emblématique en déclin

Le Râle des genêts (Crex crex), espèce d’oiseau des prairies naturelles des plaines alluviales, connaît un déclin en France et en Europe depuis le milieu du XXème siècle avec une accélération remarquée au cours des quarante dernières années (perte de 90 % des effectifs). Présent dans 74 départements dans les années 1930, le Râle de genêts est aujourd’hui retrouvé dans seulement 23 départements.

Espèce d’intérêt communautaire classée « en Danger » dans la liste rouge nationale, le Râle des genêts figure parmi les 55 espèces d’oiseaux menacées en Europe qui risquent l’extinction en l’absence d’un renforcement de ces populations. Les Basses Vallées Angevines constituent le dernier bastion de l’espèce à l’échelle de la France. Même si les effectifs sont soumis à de grandes variations interannuelles, le site accueille une part significative de la population nationale (45 % en moyenne sur les dix dernières années). En parallèle, les sites du nord-est du pays semblent aujourd’hui constituer un second complexe d’importance pour l’espèce (Moyenne vallée de l’Oise, vallée de la Meuse, vallée de la Seine).

Les associations locales s’intéressent à l’abondance des populations en inventoriant le nombre de mâles chanteurs. D’après le dernier suivi national, en 2018, 139 mâles chanteurs ont été comptabilisés, contre 655 en 2007, soit une baisse de près de 80 % en 12 ans.

Estimation moyenne du nombre de mâles chanteurs de Râle des genêts (Crex Crex) en France métropolitaine
Estimation moyenne du nombre de mâles chanteurs de Râle des genêts (Crex Crex) en France métropolitaine
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Estimation moyenne du nombre de mâles chanteurs de Râle des genêts (Crex Crex) en France métropolitaine

Note : l’estimation « moyenne » de mâles chanteurs est encadrée par l’estimation « seuil haut » et l’estimation « seuil bas ». La zone hachurée bornée par ces seuils matérialise l’intervalle de confiance de la série statistique.

Source : LPO Anjou – réseau national Râle des genêts

Traitement : SDES, 2019

Le changement des pratiques agricoles (agriculture intensive, disparition des zones humides par le drainage, disparition et fragmentation des prairies, mécanisation des pratiques et fauches précoces, etc.), mais aussi la variabilité des conditions climatiques, provoquant inondations et assèchement des vallées alluviales, constituent les principales causes qui peuvent expliquer cette tendance. D’autres facteurs (urbanisation croissante en périphérie de son aire de répartition, dérangement des populations, prédation) peuvent affecter le succès reproducteur de l’espèce et aggraver ce déclin.

Le Râle des genêts fait l’objet de nombreuses mesures de gestion et de préservation (classement, définition de périmètres de protection ou de gestion, plan national d’actions, mesures agro-environnementales et climatiques adaptées, actions de communication, etc.), qui peuvent par ailleurs bénéficier à d’autres espèces des milieux prairiaux (espèce « parapluie »). Malgré ces mesures, les populations de cet oiseau diminuent toujours, invitant les pouvoirs publics à renforcer leurs actions.

En France, les services rendus par les écosystèmes sont mis en péril, sous l’effet d’une pression anthropique grandissante sur tous les milieux

La biodiversité et les écosystèmes fournissent de nombreux biens et services à l’Homme. Leur dégradation, sous l’effet de l’anthropisation des écosystèmes à l’échelle mondiale, met en péril cette interaction. Initiée en 2012, l’Évaluation française des écosystèmes et des services écosystémiques (EFESE) porte sur les écosystèmes terrestres et marins, métropolitains et ultramarins (agricoles, milieux humides et aquatiques continentaux, forestiers, urbains, milieux marins et littoraux, rocheux et de haute montagne). Elle vise à éclairer le débat en renforçant la prise en compte des enjeux et des multiples valeurs de la biodiversité dans les politiques publiques et les décisions privées.

En milieu agricole, selon les pratiques culturales (agriculture conventionnelle ou respectueuse de l’environnement), les services rendus sont de différentes natures : structuration du sol, limitation de l’érosion, fourniture d’azote mais aussi d’autres minéraux, stockage et restitution de l’eau aux plantes cultivées qui bénéficient, par ailleurs, d’autres services comme la pollinisation (72 % des espèces cultivées pour l’alimentation humaine dépendent de l’action des insectes pollinisateurs). Ces écosystèmes peuvent participer également à la régulation du climat global en atténuant de manière considérable les gaz à effet de serre et en stockant le carbone (47 % du stock total de carbone des sols français de grandes cultures et de prairies). Les pressions qui sont exercées sur cette biodiversité (traitement phytosanitaires, travail du sol pouvant perturber le fonctionnement biologique des espèces ou encore irrigation excessive) mettent en péril les services dont peut bénéficier aujourd’hui l’agriculture et le consommateur.

Les milieux humides et aquatiques continentaux contribuent à réguler la qualité des eaux de surface par leur capacité de rétention de molécules et de matières (azote, phosphore, matières en suspension micropolluants organiques, etc.). Chaque année, à l’échelle nationale, plus de 2 milliards d’euros sont économisés grâce à la rétention de l’azote dans les rivières, par ces écosystèmes. Avec plus de 8 500 kms de voies navigables en France, de nombreuses retombées économiques (qui peuvent aussi avoir des impacts négatifs) liées au tourisme sont générées (plus de 500 millions d’euros, chaque année de chiffre d’affaires, pour une offre touristique ciblant plus de 10 millions d’usagers). Pourtant ces écosystèmes qui représentent plus de 23 % du territoire et qui abritent 45 % des espèces menacées en France métropolitaine, sont aujourd’hui soumis à d’importantes pressions. Réceptacles de nombreuses pollutions anthropiques (azote, phosphore, métaux lourds, organiques), ces espaces font l’objet d’une forte fragmentation (plus de 80 000 obstacles recensés sur les cours d’eau), d’une destruction de leurs habitats et d’une pression d’irrigation pouvant être non négligeable (cas des cultures de maïs irrigué).

Par ailleurs, la société française tire de nombreux avantages du milieu forestier, en biens et services. L’exploitation forestière participe à l’économie nationale grâce à la production de bois dont la valeur marchande s’élève à près de 3 milliards d’euros par an. La filière bois-énergie contribue quant à elle à la lutte contre le réchauffement climatique en représentant un « puits net » de carbone de 130 millions de tonnes CO2 eq/an soit un quart des émissions annuelles françaises. D’autre part, la forêt est utilisée par l’industrie pharmaceutique et cosmétique qui exploite à ce jour 77 espèces animales et végétales en France métropolitaine. D’autres services importants, rendus à la société par les milieux forestiers existent : résorption et filtrage des polluants, rôle dans la disponibilité de l’eau, dans la protection des biens et des personnes contre les aléas naturels (avalanche, glissement de terrain, crue, érosion du littoral). Mais pourtant la situation de la forêt française est très contrastée suivant les territoires. Bien que la richesse locale des essences soit en augmentation, le changement climatique affecte déjà les forêts françaises dont certains milieux comme les forets aquatiques se retrouvent aujourd’hui en mauvais état de conservation.

En France, alors que les zones urbanisées continuent de s’étendre, actuellement, sur une surface de 55 millions d’hectares en métropole, 2,7 millions d’ha sont artificialisés. Le rôle que les écosystèmes urbains peuvent jouer dans la fourniture d’un bouquet de services écosystémiques variés, est essentiel. Ainsi, ces derniers comprennent la régulation de la qualité de l’air et du climat (global mais aussi local en interceptant les polluants, particules atmosphériques et atténuant les températures en période de canicule), la régulation qualitative et quantitative du cycle de l’eau notamment en diminuant le risque d’inondations, permettent également la perméabilisation des sols lors des opérations d’aménagement. Tout comme les autres milieux, ils fournissent, de surcroit, des services récréatifs, éducatifs et de loisirs sportifs qui sensibilisent aux enjeux de biodiversité à travers, par exemple, les sciences participatives (Vigie-Nature, Spipoll, etc.).
L’imperméabilisation des sols et sous-sols, la forte fragmentation des milieux ou encore les émissions dans l’eau, l’air et les sols (pollution chimique et lumineuse) sont autant de pressions que les pouvoirs publics cherchent aujourd’hui à atténuer sur ces milieux fragiles.

Avec la deuxième plus grande zone économique exclusive au monde, la France dispose d’un vaste écosystème marin et littoral diversifié (plus de 240 000 espèces marines répertoriées au niveau mondial) qui apporte de nombreux biens et services. Cet écosystème, si son état de conservation le permet, peut fournir un volume élevé de biens alimentaires essentiels (240 000 tonnes de production halieutique marchande d’une valeur de 680 millions d’euros en 2014 en métropole) et accueille chaque année de nombreux touristes (31 % des nuitées). D’autre part, il contribue à réguler le climat (en captant via les océans, un quart des émissions de CO2 d’origine anthropique au niveau mondial). De même, la présence d’un tel écosystème régule la qualité de l’eau des côtes en réduisant les problèmes sanitaires liés à l’eutrophisation (50 millions d’euros estimés en 2009 dans la lutte contre l’eutrophisation côtière). Les écosystèmes coralliens, mangroves, etc., peuvent jouer un rôle dans la protection côtière en évitant les dommages (service rendu évalué à près de 0,6 milliard d’euros par an). Bien que présentant une proportion significative d’écosystèmes non artificialisés, les écosystèmes marins et littoraux sont de plus en plus menacés à la fois au niveau du pourtour côtier (pollutions chroniques induisant des phénomènes d’eutrophisation, artificialisation du littoral, pratiques excessives de pêche et d’extraction de granulats, etc.) mais aussi au large (accumulation de métaux lourds et molécules de synthèse, déchets plastiques, pollutions accidentelles et rejets illicites). Le changement climatique induit également des modifications importantes des conditions environnementales de ces milieux (acidification des océans, élévation de la température et montée des eaux, etc.).

Sanctuaires de nombreuses espèces menacées (4 espèces de mammifères, 28 espèces d’oiseaux, 12 espèces de reptiles et amphibiens), les milieux rocheux et de haute montagne français assurent une diversité de biens et services (production de fourrage, régulation hydrologiques qui détermine la production d’énergie hydro-électrique, contrôle de l’érosion et des risques naturels, stockage du carbone des sols, contribution à la santé humaine via l’alimentation, les activités récréatives de nature, etc.). Alors que ces milieux sont aujourd’hui plutôt dans un état de conservation favorable, leur diversité est aujourd’hui mise à mal. Le changement climatique, mais aussi l’urbanisation grandissante liée au tourisme hivernal (infrastructures des domaines skiables), la déprise agricole ou le changement de pratiques pastorales (surpâturage localisé) affectent certains habitats qui se retrouvent dorénavant menacés (glaciers, zones humides et tourbières, etc.).

La première phase du programme EFESE 2012-2018 a dressé un bilan des connaissances mobilisables sur les écosystèmes français, leurs services et ce que les sociétés humaines en retirent. À ce jour, il n’existe pas encore d’indicateur quantitatif prenant en compte l’ensemble des écosystèmes et leur évolution. Une meilleure connaissance des services écosystémiques reste un axe fort des pouvoirs publics pour mieux intégrer les enjeux de biodiversité d’aujourd’hui et de demain, dans les activités humaines et économiques.

Cet article est un extrait du rapport de synthèse de l’édition 2019 du rapport sur l’environnement en France.