Qualité bactériologique des produits de la mer (coquillages)

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Le milieu littoral est soumis à de multiples sources de contamination d’origine humaine ou animale : eaux usées urbaines, ruissellement des eaux de pluie sur des zones agricoles, faune sauvage. En filtrant l’eau, les coquillages concentrent les micro organismes présents dans l’eau. Aussi, la présence dans les eaux de bactéries ou virus potentiellement pathogènes pour l’homme ( Salmonella, Vibrio spp., norovirus, virus de l’hépatite A) peut constituer un risque sanitaire lors de la consommation de coquillages (gastro-entérites, hépatites virales).

Analyse générale

En 2012, le réseau de surveillance de la qualité bactériologique des produits de la mer (REMI) s’est appuyé sur 375 points de suivi répartis dans 333 zones de production conchylicoles. La qualité microbiologique est estimée pour 336 points : 6 % des points présentent une bonne qualité (A), 83 % une qualité moyenne (B), 7 % une mauvaise qualité © et 4 % une très mauvaise qualité (D).

Si l’on regarde l’évolution générale de la qualité depuis 1989, on constate une amélioration de la qualité entre 1989 et 2012 avec une situation plus favorable atteinte sur la période 2000-2002, période à laquelle 17 % des points présentent une bonne qualité et où respectivement 2 % et 1 % des points présentent une mauvaise et très mauvaise qualité. Depuis cette période, une dégradation de la qualité semble être amorcée dans certains secteurs.

L’analyse statistique des données confirme en partie ce constat. Si, pour la majorité des points (60,8 %), aucune évolution significative n’est mise en évidence sur les dix dernières années (2003-2012), une dégradation de la qualité est mise en évidence pour 27,6 % des points. A noter tout de même, qu’une amélioration de la qualité est mise en évidence pour 11,5 % des points, essentiellement concentrées sur les côtes de Charente-Maritime.

Qualité microbiologique des points REMI en 2012

Les dénombrements d’Escherichia coli ont permis d’évaluer la qualité microbiologique de 336 points du littoral français disposant de données suffisantes, répartis sur 291 zones de production conchylicoles (une zone pouvant être suivie par un ou plusieurs points de surveillance) : 88 points surveillent les zones de production des bivalves fouisseurs (coques, palourdes,…) et 248 points les zones de production des bivalves non fouisseurs (huîtres et moules).

Qualité microbiologique des points de surveillance REMI par groupe de coquillages en 2010-2012
Qualité microbiologique des points de surveillance REMI par groupe de coquillages en 2010-2012
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Qualité microbiologique des points de surveillance REMI par groupe de coquillages en 2010-2012

Source : Ifremer, REMI

La qualité microbiologique des points de surveillance des zones conchylicoles est :

  • bonne pour 21 points (6 %),
  • moyenne pour 279 points (83 %),
  • mauvaise pour 24 points (7 %),
  • très mauvaise pour 12 points (4 %).

Le classement et la surveillance des zones est propre à un groupe de coquillages. Ces groupes sont définis réglementairement (arrêté du 21/05/1999 remplacé par celui du 6 novembre 2013), permettant de refléter la capacité différentielle des coquillages à se contaminer et à se décontaminer.

D’une manière générale, les profils de contamination des points de surveillance des fouisseurs (coque, palourde, …) sont plus dégradés que ceux des non fouisseurs (huître, moule). S’il existe relativement peu de points qui présentent une bonne qualité à la fois pour les bivalves fouisseurs (4 %) et pour les bivalves non fouisseurs (7 %), la différence porte essentiellement sur les points de qualité mauvaise à très mauvaise avec les bivalves fouisseurs qui en comptent 31 % contre 10 % chez les non fouisseurs. La très grande majorité des points présente une qualité moyenne : 63 % pour les fouisseurs, et 87 % pour les non fouisseurs.

Groupe des fouisseurs

Pour les coquillages du groupe 2, seule la Bretagne compte des points de bonne qualité. Pour les trois façades, la majorité des points est de qualité moyenne. En méditerranée, il y a 7 points présentant une qualité moyenne et 9 points présentant une qualité mauvaise ou très mauvaise, ce qui en fait la façade présentant le profil le plus dégradé pour ce groupe de coquillages.

C’est néanmoins la façade présentant le moins de point de suivi de la qualité des coquillages fouisseurs (16 points en Méditerranée, contre 36 en Manche - mer du Nord et en Atlantique).

Qualité microbiologique des points pour les coquillages fouisseurs
Qualité microbiologique des points pour les coquillages fouisseurs
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Qualité microbiologique des points pour les coquillages fouisseurs

Source : Ifremer, REMI

Répartition des points REMI par façade, groupe et qualité
Répartition des points REMI par façade, groupe et qualité
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Répartition des points REMI par façade, groupe et qualité

Source : Ifremer, REMI

Groupe des non fouisseurs

Concernant les coquillages non fouisseurs, les trois façades maritimes présentent des profils plus similaires en termes de qualité des points de surveillance. Toutes les façades disposent en effet de points de bonne qualité (2 en Manche - mer du Nord et Méditerranée et 13 en Atlantique) totalisant 7 % des points ; près de 90 % des points sont de qualité moyenne et moins de 4 % des points sont de mauvaise ou très mauvaise qualité. La façade méditerranéenne n’a aucun point de mauvaise ou très mauvaise qualité.

Qualité microbiologique des points pour les coquillages non fouisseurs
Qualité microbiologique des points pour les coquillages non fouisseurs
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Qualité microbiologique des points pour les coquillages non fouisseurs

Source : Ifremer, REMI

Évolution de la qualité microbiologique

Évolution de la qualité microbiologique des points REMI entre 1989 et 2012
Évolution de la qualité microbiologique des points REMI entre 1989 et 2012
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Évolution de la qualité microbiologique des points REMI entre 1989 et 2012

Source : Ifremer, REMI

L’évolution de la qualité des points est présentée au niveau métropolitain par groupe de coquillages. Bien que les zones de production et les points de suivi aient pu changer au cours du temps, cela permet d’avoir une appréciation générale de l’évolution de la qualité depuis l’origine de la mise en place de la surveillance.

L’augmentation du nombre de points pour lesquels il est possible d’estimer la qualité entre 1989 et 2012 s’explique pour deux raisons principales. La première raison est liée au traitement méthodologique des données. En effet, seules les données historiques correspondant aux points actuellement suivis dans le cadre du REMI ou dont le suivi s’est arrêté récemment sont recherchées. La deuxième raison est liée à l’amélioration de la surveillance dans certains secteurs (notamment en Méditerranée, pour les bivalves fouisseurs), où un effort important est engagé depuis plusieurs années pour récupérer des échantillons sur des points difficiles d’accès, cela permet alors de disposer des données en nombre suffisant pour estimer la qualité.

L’évolution générale de la qualité au cours de ces 22 années s’est globalement améliorée : la situation microbiologique des points de suivi des coquillages fouisseurs et non fouisseurs est meilleure en 2012 (données 2010-2012) qu’elle ne l’était au début de la surveillance en 1991 (données 1989-1991). Toutefois, l’année la plus favorable en termes de qualité des points a été atteinte en 2002 (données 2000-2002) avec le maximum de points de bonne qualité, et le minimum de point de mauvaise et très mauvaise qualité, voire l’absence de point de très mauvaise qualité pour les coquillages non fouisseurs.

Sur la période 2002-2009, le nombre de points de bonne qualité diminue alors que le nombre de points de mauvaise et très mauvaise qualité augmente. Depuis 2010, pour les coquillages non fouisseurs, une recrudescence des points de bonne qualité est observée, et les points de très mauvaise qualité réapparus entre 2006 et 2011, ne sont pas présents en 2012. Cette amélioration n’est pas perceptible au niveau des coquillages fouisseurs, toutefois quelques points de bonne qualité sont rencontrés depuis 2010.

Évolution de la qualité microbiologique des points REMI par groupe de coquillages depuis 1989
Évolution de la qualité microbiologique des points REMI par groupe de coquillages depuis 1989
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Évolution de la qualité microbiologique des points REMI par groupe de coquillages depuis 1989

Source : Ifremer, REMI

L’évolution de la qualité des points peut être appréciée plus finement en observant la situation de chaque façade maritime.

Sur la façade Manche - mer du Nord, pour les coquillages fouisseurs, le nombre de points de mauvaise à très mauvaise qualité a évolué de manière discontinue depuis 1991 présentant une période plus défavorable entre 2003 et 2007, période à laquelle jusqu’à plus de 50 % des points présentent une mauvaise ou très mauvaise qualité (en 2003, 2006 et 2007).

Depuis 2008, cette proportion diminue, pour atteindre 33 % en 2012. Pour les coquillages non fouisseurs (huîtres et moules), la qualité microbiologique est bien meilleure (6 points, soit 5 %, sont évalués de qualité mauvaise en 2012). Au cours des 22 années pour lesquelles des données sont disponibles, trois phases peuvent être distinguées : une amélioration est observée entre 1994 et 2002 marquée par la disparition totale des points de mauvaise à très mauvaise qualité et par l’augmentation des points de bonne qualité (14 en 2002), suivie d’une période de dégradation légère jusqu’en 2006, qui se manifeste par une diminution nette des points de bonne qualité, puisqu’un seul point présente une bonne qualité en 2006. Entre 2007 et 2011, la dégradation se poursuit par l’accroissement du nombre de points de mauvaise et très mauvaise qualité, le nombre de points de bonne qualité augmente, quant à lui, légèrement. En 2012, la situation semble s’améliorer à nouveau, avec une proportion de zones de qualité moyenne à bonne qui s’élève à plus de 92 %.

Évolution en Manche et mer du Nord de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
Évolution en Manche et mer du Nord de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
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Évolution en Manche et mer du Nord de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages

Source : Ifremer, REMI

Sur la façade atlantique, pour les coquillages fouisseurs, le nombre de point est restreint au cours de la première décennie, puis augmente jusqu’à atteindre 35 points en 2011. La proportion de points de bonne et moyenne qualité reste élevée tout au long de la période, elle dépasse 90 % pour 13 des 22 périodes, et la proportion de points de mauvaise et très mauvaise qualité n’excède jamais 7 %. La façade atlantique compte le plus grand nombre de points de surveillance pour les coquillages non fouisseurs. La qualité bonne et moyenne des points reste supérieure à 95 % pour chacune des 22 périodes considérées. La période la plus favorable peut être identifiée entre 2000 et 2004, années au cours desquelles la façade comporte jusqu’à 29 points de bonne qualité. Après une diminution du nombre de points de bonne qualité jusqu’en 2008 et la réapparition de points de très mauvaise qualité en 2009 alors qu’ils étaient absents depuis plus de 10 ans, le nombre de points de bonne qualité semble à nouveau augmenter en 2012.

Évolution en Atlantique de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
Évolution en Atlantique de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
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Évolution en Atlantique de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages

Source : Ifremer, REMI

La façade méditerranéenne comporte bien moins de points de suivi que les deux autres façades, l’effort d’échantillonnage engagé depuis 2005 pour les bivalves fouisseurs a commencé à porter ses fruits en 2007 (période 2005-2007), ce qui explique l’augmentation importante du nombre de points pour lesquels la qualité peut être estimée. Pour les coquillages fouisseurs, l’augmentation du nombre de points surveillés pour lesquels la qualité peut être estimée, s’accompagne d’une augmentation de points de qualité mauvaise à très mauvaise atteignant 7 points (soit 27 %) en 2011 et 9 points en 2012, (soit 56 % compte tenu de la diminution du nombre de points pour lesquels il est possible d’estimer la qualité). En ce qui concerne les coquillages non fouisseurs, une amélioration progressive de la qualité est observée sur les 10 premières années de surveillance : la proportion des points de qualité mauvaise à très mauvaise a pu atteindre jusqu’à 20 % en 1997 (période 1995-1997). Depuis l’an 2000 (période 1998-2000) le profil de la qualité des points est relativement stable, avec plus de 94 % des points présentant une qualité bonne à moyenne.

Évolution en Méditerranée de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
Évolution en Méditerranée de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
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Évolution en Méditerranée de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages

Source : Ifremer, REMI

Tendance des niveaux de contamination

Sur les 268 points disposant d’un historique de 10 ans de données, la majorité des points (163) ne présente pas d’évolution significative des niveaux de contamination au cours de la période considérée. Pour 105 points, une évolution significative est mise en évidence. La tendance croissante des niveaux de contamination observée sur 74 points témoigne d’une dégradation de la qualité, elle se situe essentiellement sur les côtes Bretonnes et Normandes.

Tendance des niveaux de contamination entre 2003 et 2012 par point
Tendance des niveaux de contamination entre 2003 et 2012 par point
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Tendance des niveaux de contamination entre 2003 et 2012 par point

Source : Ifremer, REMI

Évolution de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
Évolution de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages
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Évolution de la qualité des points de suivi des zones de production de coquillages

Source : Ifremer, REMI

La tendance décroissante mise en évidence sur 31 points marque une amélioration de la qualité, amélioration essentiellement concentrée sur la côte Atlantique, en Vendée, en Charente-Maritime et dans le bassin d’Arcachon.

Comment interpréter ces résultats ?

S’agissant d’un réseau visant la protection de la santé des consommateurs, les points REMI sont positionnés dans la zone de production, au niveau du secteur identifié comme le plus exposé aux contaminations. Les sources de contamination microbiologique sont d’origine très variées et bien souvent la qualité microbiologique estimée au niveau des points de suivi (et/ou des zones) est la résultante de multiples sources conjuguées, issues du ou des bassins versants proches de la zone de production, ou de rejets très locaux ou ponctuels (ex : déversement d’eaux usées brutes sur ou à proximité de la zone de production). La dégradation de la qualité du milieu peut être liée par exemple à l’évolution démographique qui rend inadéquat les ouvrages de traitement des eaux usées existants, à des contaminations au niveau du réseau pluvial, à des dysfonctionnements du réseau liés aux fortes pluviométries, aux variations saisonnières de la population (tourisme), à l’évolution des pratiques agricoles (élevage, épandage…), mais aussi à des déversements sauvages d’eaux usées (bateau de plaisance, camping-car…) ou un ou à la présence de la faune sauvage. La reconquête de la qualité microbiologique peut quant à elle résulter d’aménagements mis en œuvre sur le bassin versant (ouvrages et réseau de collecte des eaux usées par exemple, stations d’épuration, systèmes d’assainissement autonome…). Le travail d’identification de l’origine des sources de contamination, de hiérarchisation des sources sont des étapes indispensables mais parfois complexes pour permettre d’identifier les actions prioritaires à mettre en œuvre par les autorités pour améliorer la qualité des eaux, et par conséquent la qualité des zones de production conchylicole.

Méthodologie

Le REMI, réseau de contrôle microbiologique des zones de production de coquillages, permet la surveillance sanitaire des zones de production exploitées par les professionnels et classées par l’Administration. Sur la base du dénombrement dans les coquillages vivants des Escherichia coli (E. coli), bactéries communes du système digestif, recherchées comme indicateur de contamination fécale, le REMI a pour objectifs :

  • d’estimer la qualité microbiologique sur la base des niveaux de contamination des coquillages et de suivre l’évolution de ces niveaux de contamination ;
  • de détecter et suivre les épisodes inhabituels de contamination. Le classement et la surveillance microbiologique des zones de production de coquillages répondent à des exigences réglementaires européennes comprenant notamment le Règlement (CE) n°854/2004 et française : arrêté du 21/05/1999.

La qualité microbiologique des points REMI (suivis début 2013) est déterminée sur la base des résultats de surveillance régulière obtenus au cours des trois dernières années (calendaires) pour chacun des groupes de coquillages suivis (groupe 2 : bivalves filtreurs fouisseurs, groupe 3 : bivalves filtreurs non fouisseurs).

L’interprétation des résultats est faite par rapport aux seuils réglementaires en vigueur :

  • Bonne qualité (A) : 100 % des résultats ≤ 230 E. coli/100 g CLI (Chair et Liquide Intervalvaire) ;
  • Qualité moyenne (B) : 90 % des résultats ≤ 4 600 et 100 % ≤ 46 000 E. coli/100 g CLI ;
  • Mauvaise qualité © : 100 % des résultats ≤ 46 000 E. coli/100 g CLI ;
  • Très mauvaise qualité (D) : si un résultat est > 46 000 E. coli/100 g CLI.

L’évolution de qualité microbiologique des points REMI suivis début 2013, est déterminée en prenant en compte tout l’historique des données disponibles, qui peut donc être 23 ans.

Seules sont considérées les points disposant d’un nombre de données suffisant sur chaque période de 3 années calendaires considérées (24 ou 12 résultats pour les points pouvant être suivies à fréquence bimestrielle). La qualité est déterminée sur les données acquises sur les 3 années calendaires et par année glissante entre 1991 et 2013 (1991 prend en compte les données acquises entre le 1er janvier 1989 et le 31 décembre 1991, 1992 intègre les données acquises entre le 1er janvier 1990 et le 31 décembre 1992,…).

Une analyse de tendance est faite sur les données de surveillance régulière par un test non paramétrique de Mann-Kendall. Le test est appliqué aux séries présentant des données sur l’ensemble de la période de 10 ans.

Les façades sont ici définies au sens des sous-régions marines de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), à savoir le littoral de la façade Manche - mer du Nord s’étendant de la frontière Belge jusqu’à la pointe du Raz, le littoral de la façade atlantique s’étendant de la pointe du Raz à la frontière espagnole et le littoral de la façade méditerranéenne comprenant l’ensemble de la côte française méditerranéenne incluant la Corse.

Auteur : Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer (Ifremer).